Nel 1034 il Vescovo di Padova Burcardo donò alle monache benedettine del monastero padovano dei Santi Pietro e Stefano, tra gli altri luoghi, anche “la pieve di Calvene, la corte di Lugo e il monastero di San Lorenzo in quel luogo”. L’antipapa Clemente III, confermando a quelle monache i loro possedimenti, nomina la “chiesa di San Giovanni Battista di Lugo, con le decime, primizie e offerte e la stessa località con tutte le sue pertinenze”. È la prima volta che in un atto pubblico compare questa chiesa. Invece essa non è elencata nella decima papale del 1297, il che parrebbe provare che allora non aveva cura d’anime, anche se un documento del 24 agosto 1282 poteva farlo supporre: il sacerdote Benedetto, figlio di Vito di Calvene, investito dalle monache di Santo Stefano di Padova di diversi diritti in vari loro possedimenti, promise di “officiare la chiesa di San Giovanni Battista di Lugo e di svolgere in essa tutto ciò che è opportuno, secondo la consuetudine”. Da un documento del 22 aprile 1422 sappiamo che la chiesa aveva un proprio cimitero. La visita pastorale del vescovo Nicolò Ormaneto del 24 settembre 1571 la dice unita alla pieve di Santa Maria di Calvene, il cui arciprete vi si recava tre volte la settimana, in giorno feriale, per celebrarvi la Messa; ma trent’anni dopo, il 28 ottobre 1601, su richiesta degli abitanti che volevano un sacerdote stabile, residente e disponibile a celebrare l’Eucaristia domenicale, il vescovo Marco II Corner la costituì in parrocchia indipendente, staccandola dalla pieve di Calvene. Impegnandosi gli abitanti a contribuire al mantenimento del loro parroco, egli concesse ai capifamiglia il diritto di eleggerlo: è il cosiddetto giuspatronato, esercitato nelle debite forme l’ultima volta nel 1975 ma ancora formalmente in vigore.
La vecchia chiesa parrocchiale seicentesca (ricordiamo per inciso che la chiesa di Santi Pietro e Paolo in località Mare, di cui si hanno notizie certe nel XV secolo, ma di costruzione sicuramente più antica, non ebbe mai cura d’anime e non fu mai parrocchiale), restaurata nel 1854-1855, ormai insufficiente all’accresciuta popolazione, fu sostituita con un nuovo, maestoso edificio, a una sola navata di stile classico. I lavori ebbero inizio nel 1901 e furono completati nel 1926. Il 12 novembre 1930 il Vescovo di Padova, mons. Elia Dalla Costa, la elevò ad arcipretale e sei anni dopo, il 22 agosto 1936 fu consacrata dal suo successore, mons. Carlo Agostini.